Funny Balloons opowiada historię chłopca, który zapuszcza się w las i zostaje porwany przez złe siły, więżące go w mistycznym świecie. Aby uciec i wrócić do domu, musi zagrać w dziwną grę, w której musi kierować balonami w różne obszary. Każdy obszar ma swój kolor i określony poziom punktów. Jeśli balon zostanie skierowany w obszar tego samego koloru, punkty są dodawane do łącznego wyniku; w przeciwnym razie są odejmowane. Celem gry jest uzyskanie łącznego wyniku równego wynikowi docelowemu. Gra zostaje przegrana, jeśli gracz zdobędzie wynik wyższy niż docelowy lub przepełni obszar. Między-poziomowa mini-gra pozwala graczowi zagrać na automacie, gdzie może wygrać (lub stracić) punkty lub zdolności używane w głównej grze. Gra posiada 12 poziomów o wzrastającej trudności.