Młoda czarodziejka zbiera klejnoty do swoich magicznych mocy w ciemnym i ponurym magicznym lesie. Musi zebrać magiczne klejnoty, które zawierają elementy takie jak ogień, ziemia, woda i błyskawice. Musisz pomóc jej zebrać te klejnoty, ale masz tylko 100 ruchów na wykonanie wszystkich celów. Z każdym ukończonym celem awansujesz na wyższy poziom i zdobędziesz więcej punktów. Jewel Mysteries to gra mocno nastawiona na wysokie wyniki, z celami i ograniczoną liczbą ruchów. Musisz usuwać klejnoty, klikając na grupy 3 lub więcej. Jeśli wykonasz serię 7 kombinacji, wejdziesz w tryb BURST klejnotów. W trybie BURST klejnotów zdobędziesz podwójne punkty.