Samotny uczeń liceum, Yukiteru Amano, spędza dni na pisaniu pamiętnika w swoim telefonie komórkowym, rozmawiając ze swoimi dwoma pozornie wyimaginowanymi przyjaciółmi: Deusem Ex Machina, który jest bogiem czasu i przestrzeni, oraz Murmur, sługą boga. Objawiając się jako prawdziwa istota, Deus obdarza Yukiteru „Losowym Pamiętnikiem”, który pokazuje bardzo szczegółowe wpisy oparte na przyszłości i zmusza go do krwawego battle royale z 11 innymi posiadaczami podobnie potężnych pamiętników przyszłości.