Desktop Tower Defense jest rozgrywana na mapie przypominającej pulpit biurka. Gracz musi powstrzymać określoną liczbę wrogów, znanych w gatunku jako „creepy”, przed dotarciem do ustalonego punktu na polu gry. Osiąga się to poprzez budowanie i ulepszanie wież, które strzelają do wrogich creepów, zadają im obrażenia i je zabijają, zanim te zdołają osiągnąć swój cel. W przeciwieństwie do wielu innych gier typu tower defense, ścieżka samych creepów nie jest ustalona; zamiast tego, zbudowane wieże wyznaczają ścieżkę creepów, które wybierają najkrótszą drogę do wyjścia. Gra nie pozwala graczowi całkowicie zablokować wyjścia, ale kluczowe strategie polegają na prowadzeniu creepów przez długie, kręte korytarze.